研究業績／学会発表

A03班

A03-1 冨樫班

• Tamiki Komatsuzaki
  "Energy landscapes derived from single molecule spectroscopy and complex networks"
  Architecture, dynamics, and functionality of molecular biosystems, Okazaki, Japan, Mar. 30-31, 2015
• 冨樫祐一
  "DNA結合タンパク質の動きと機能: 計算からの試み"
  生命動態システム科学四拠点・CREST・PRESTO合同シンポジウム「生命動態の分子メカニズムと数理」, 京都府京都市, Mar. 16-17, 2015
• Chun-Biu Li
  "Single Molecule Time Series Analysis of F1-ATPase to Unravel the Role of ATP Hydrolysis and Thermal Fluctuations"
  Seminar at Max Planck Institute of Colloids and Interfaces, Max Planck Institute of Colloids and Interfaces, Jan. 7, 2015
• Holger Flechsig
  "Conformational dynamics of molecular machines and motors from coarse-grained elastic network modeling"
  Tutorial talk, Beijing Computational Science Research Center (CSRC), Beijing, China, Nov. 19, 2014
• Tamiki Komatsuzaki
  "A kinetic disconnectivity graph to decode timescale hierarchy buried in reaction networks"
  XIXth International Workshop on Quantum Systems in Chemistry, Physics and Biology, Fullon Hotel Tamsui Fishermen's Wharf, Nov. 11-17, 2014
• Chun-Biu Li
  "Challenges in Understanding Complex Systems at the Single Molecule Level"
  New Challenges in Complex Systems Science, Nishiwaseda Campus, Waseda University, Oct. 24-26, 2014
• Tamiki Komatsuzaki
  "Chemical Reaction Dynamics and Chaos"
  New Challenges in Complex Systems Science, Nishiwaseda Campus, Waseda University, Oct. 24-26, 2014
• 小松崎民樹
  "熱揺らぎに埋もれた力学的な反応経路"
  研究会「理論と実験」２０１４, 広島大学理学部, Oct. 9-10, 2014
• Hiroshi Teramoto
  "Extracting coherent molecular vibrational modes by nonlinear time series analysis"
  Workshop on Theory and Applications of Random/Non-autonomous Dynamical Systems, Dynamical Systems Group, Department of Mathematics, Imperial College London, Sep. 8-15, 2014
• 小松崎民樹
  "少数性の生物学において顕在化する分子個性"
  日本物理学会2014年秋季大会, 中部大学春日井キャンパス, Sep. 7-10, 2014
• Tamiki Komatsuzaki
  "Energy landscapes learned from time series and networks"
  Energy Landscapes : From Single Molecules to Soft Matter, Durham University, Aug. 15-21, 2014
• Tamiki Komatsuzaki
  "Chance and Necessity in Reactions Under Chaos and Stochastic Fluctuation"
  The 10th AIMS Conference on Dynamical Systems, Differential Equations and Applications, Universidad Autónoma de Madrid, Jul. 7-11, 2014
• Hiroshi Teramoto, Mikito Toda, Tamiki Komatsuzaki
  "Extracting Cooperative modes between a biological molecule and water molecules"
  International Workshop "Over the Barriers of Transition Paths: Dynamical Processes in Proteins and Complex Molecular Systems", Tokyo Institute of Technology, Jun. 28, 2014
• Tamiki Komatsuzaki
  "Energy Landscapes Constructed From Single-molecule Time Series And Reaction Networks"
  Macromolecular dynamics: structure, function and diseases, Kavli Institute for Theoretical Physics China, Jun. 15- Jul. 11, 2014
• Tamiki Komatsuzaki
  "Theories Should Meet Experiments: What Can We Extract From Time Series Data?"
  Beijing Computational Science Research Center (CSRC) Seminar, Beijing Computational Science Research Center (CSRC), Jun. 23, 2014
• Tamiki Komatsuzaki
  "Energy Landscapes Constructed From Single-Molecule Time Series and Reaction Networks"
  The 2014 Les Houches - TSRC Protein Dynamics Workshop, Ecole de Physique des Houches, May. 18-23, 2014
• 永幡裕, 小松崎民樹
  "Markov連鎖が持つ時間階層構造抽出に向けて- 階層間をつなぐ理論の構築と、複雑な反応系の解析に向けて -"
  JST ERATO湊離散構造処理系プロジェクトセミナー, 北海道大学工学部, Apr. 30, 2014
• 新海創也
  "個別のアクティブ拡散時系列のエネルギー論―MSD解析を越えた地平―"
  非線形・非平衡系シンポジウム, 東京都新宿区, Mar. 13-14, 2014
• Chun-Biu Li
  "Time Series, Networks and Dynamics: A Perspective from the Information Theory"
  The 14th RIES-HOKUDAI International Symposium 網[mou], CHÂTERAISÉ Gateaux Kingdom SAPPORO, Dec. 11-12, 2013
• 冨樫祐一
  "分子間相互作用と化学反応の「ゆらぎ」とは？―遺伝子発現という奇妙なシステムに対する理論の試み"
  第36回日本分子生物学会年会「遺伝子発現のゆらぎ・学習の動作原理を測る・導く」ワークショップ, 兵庫県神戸市, Dec. 3, 2013
• Shinnosuke Kawai, Hiroshi Teramoto, Tamiki Komatsuzaki
  "Essential Coordinates to Describe the Dynamics of Many-atom Systems"
  5th JCS International Symposium on Theoretical Chemistry, Todai-ji Culture Center, Dec. 2-6, 2013
• 寺本央、戸田幹人、小松崎民樹
  "スペクトル解析による生体分子の構造転移モードの解析"
  第1回アライアンス若手研究交流会～計算・計測・合成の融合～, 東北大学片平キャンパス, Nov. 25-26, 2013
• 小松崎民樹
  "分子個性（Dynamic disorder）：一分子生物学から産まれた新しい概念？"
  第2回バイオ単分子研究会, つなぎ温泉 紫苑, Nov. 10, 2013
• Yuichi Togashi
  "Spying "Minorities" in Reaction Networks in the Cell"
  留日中国人生命科学協会第15回年会, 大阪府高槻市, 2013/11/3
• 小松崎民樹
  "分子イメージングから要素間の高次相互作用の定量化に向けて"
  第51回日本生物物理学会年会, 京都市, 2013年10月28-30日
• Chun-Biu Li
  "Inferring Kinetics Objectively from Single Molecule Time Series with Full Information Content"
  第51回日本生物物理学会年会, 京都市, 2013年10月28-30日
• Chun-Biu Li
  "When Computational Mechanics Meets Single Molecule Time Series"
  2013 International Symposium on Nonlinear Theory and its Applications, Santa Fe, USA, Sep. 8-11, 2013
• Tamiki Komatsuzaki
  "Revisiting Energy Landscape, Timescale, Coarse-Graining"
  Chemistry and Dynamics in Complex Environments, Telluride, CO., USA, Jun. 25-29, 2013
• 小松崎民樹
  "データ駆動型モデリングと一分子動態解析における虚実"
  日本顕微鏡学会第69回学術講演会, 吹田市, 2013年5月20-22日
• Tamiki Komatsuzaki
  "A microscopic ruler tells us the underlying networks in single molecule measurements"
  Nanoscale Science Seminars 2013:A Microscopic ruler tells us the underlying networks in single molecule measurements, Stuttgart, Germany, 41407
• Yuichi Togashi
  ""Minorities" may Rule Reaction-Diffusion Processes in the Cell"
  1st International Symposium of the Mathematics on Chromatin Live Dynamics, Higashi-Hiroshima, Japan, March 15-16, 2013
• Tamiki Komatsuzaki
  "Toward Deciphering Molecular Individuality in Systems Biology"
  French‐Japanese Seminar on "Bioinspired Methods and Applications", Tokyo, Japan, Feb. 4-6, 2013
• 小松崎民樹
  "蛋白質機能に対するデータ駆動的モデリング"
  Workshop on Half day workshop on protein dynamics, 仙台市, 41296
• Tamiki Komatsuzaki
  "Let Single Molecule Time Series Tell for Itself: Energy Landscape and Complex Network"
  4-th France-Japan Joint Seminar: Imaging of spatiotemporal hierarchies in living cells, Hyogo, Japan, Jan. 7-11, 2013
• Tamiki Komatsuzaki
  "Theories Should Meet Experiments: What Can We Extract from Time Series Data?"
  Telluride Summer Workshop "Characterizing Landscapes: From Biomolecules to Cellular Networks", CO, USA, June 11-15, 2012
• Tamiki Komatsuzaki
  "Transition States and Reaction Coordinates in Complex Systems"
  Telluride Summer Workshop"Searching for Reaction Coordinates and Order Parameters", CO, USA, June 17-21, 2012
• Yuichi Togashi
  "Modeling of Molecular Networks in the Cell: Minority and Crowd"
  Brock-Kobe Bilateral Workshop on Scientific Computation, Kobe, Japan, May 21-22, 2012
• 冨樫祐一
  "少数分子反応ネットワーク～要素の離散性・多状態性・階層性に注目して"
  分子ロボティクス研究会 4月定例会, 愛知県名古屋市, 2012年4月27日
• 小松崎民樹
  "一分子酵素反応の動態解析における虚実：我々は何を観ているのか？"
  細胞システムの動態と論理IV, 独立行政法人理化学研究所（和光市）, 2012年4月12-13日
• 冨樫祐一
  "少数分子反応ネットワークの展開"
  理研シンポジウム「細胞システムの動態と論理IV」, 埼玉県和光市, 2012年4月12-13日
• 小松崎民樹
  "一分子反応の動態解析における虚実：我々は何を観ているのか？"
  最先端研究開発支援プログラム「1分子解析技術を基盤とした革新ナノバイオデバイスの開発研究-超高速単分子DNAシークエンシング、超低濃度ウイルス検知、極限生体分子モニタリングの実現-」講演会, 大阪大学産業科学研究所（茨木市）, 2012/04/02
• 小松崎民樹
  "「1 分子実験を読み解くための新しい実践型分子理論 を目指して」　第2次先端ウォッチング 高次分子システムのための 分子科学：実験と理論の挑戦"
  日本化学会　第92春季年会, 慶応大学(横浜市）, 2012年3月25-28日
• Hiroshi Teramoto, Mikito Toda and Tamiki Komatsuzaki
  "Analysis of Dynamical Systems with Large Degrees of Freedom in terms of normally hyperbolic invariant manifolds and their Breakdown"
  International Workshop on Anomalous Statistics, Generalized Entropies and Information Geometry, Nara, Japan, March. 5-7, 2012
• Tamiki　Komatsuzaki
  "Theories Should Meet Measurements: What Can We Extract from Time Series Data?"
  The 2012 WPI-AIMR Annual Workshop, Sendai International Center, Feb. 20-23, 2012
• 寺本央、戸田幹人、小松崎民樹
  "局所スペクトルによる大自由度力学系の動態解析"
  応用数理若手の会単独研究会, Tokyo, Japan, Dec. 26, 2011
• 小松崎民樹
  "階層的な相関関係を定量化する情報理論について"
  「理論と実験」研究会2011, 広島大学, 2011年10月7-8日
• Naoki Miyagawa, Hiroshi Teramoto, Chun Biu Li and Tamiki Komatsuzaki
  "Spatial Heterogeneity of Multivariate Dependence"
  International Conference of Numerical Analysis and Applied Mathematics, Greece, Sep. 19-25, 2011
• Shinnosuke Kawai, Hiroshi Teramoto and Tamiki Komatsuzaki
  "Low-dimensional Description of Complex Many-Body Molecular Systems by Extracting Important Dynamical Modes"
  14th Asian Chemical Congress, Bangkok, Thailand, Sep. 5-8, 2011
• Tamiki Komatsuzaki
  " "Mining" an effective Energy landscape of a protein from single molecule time series"
  Telluride Workshop on Protein Dynamics, Telluride. CO, Aug. 1-5, 2011
• Tamiki Komatsuzaki
  "How can we "mine" effective energy landscapes of proteins from single molecule time series in the violation of local equilibrium and detailed balance?"
  Telluride Workshop on Exploring energy landscapes, from single molecules to mesoscopic models, Telluride. CO, July 25-August 5, 2011
• Tamiki Komatsuzaki
  " "Digging" single molecule time series to "mine" the underlying effective energy landscape"
  Telluride Workshop on Single, Telluride. CO, June 27-July 1, 2011
• Tamiki Komatsuzaki
  "Mining State Space Network from Single-Molecule Time Series"
  Telluride Workshop on Complexity of Kinetics and Dynamics in Many Dimension, Telluride. CO, June. 20-24, 2011
• Chun-Biu Li
  "Either contruction of KS from dwell-time time series, or modeling of QD blinking"
  Telluride Workshop on Complexity of Kinetics and Dynamics in Many Dimension, Telluride. CO, June. 20-24, 2011
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A03-2 今田班

• Katsumi Imada
  "Molecular mechanism of the flagellar biogenesis revealed by in vitro transport assay system."
  日本生物物理学会第53回年会, 金沢大学, Sep. 13-15, 2015
• 寺島浩行
  "細菌べん毛のIII型分泌装置の再構築"
  第88回日本細菌学会総会, 長良川国際会議場（岐阜）, Mar. 26, 2015
• 今田勝巳
  "III型輸送ATPase複合体の構造と機能"
  第４回分子モーター討論会, 大阪大学（大阪）, Jun. 28, 2014
• Takayuki Uchihashi
  "Application of high-speed atomic force microscopy"
  12th International Conference on Frontiers of Polymers and Advanced Materials, Auckland, New Zealand, Dec, 8-13, 2013
• Takayuki Uchihashi
  "High-Speed Atomic Force Microscopy for Imaging of Protein Dynamics"
  2013 MRS Fall Meeting & Exhibit, Symposium: Advances in Scanning Probe Microscopy, Boston, USA, Dec, 1-6, 2013
• 内橋貴之
  "研究者になるということ"
  北海道大学情報系若手連携シンポジウム, Sapporo, Japan, Nov, 29-30, 2013
• 今田勝巳
  "細菌べん毛形成の分子機構"
  山口大学農学部セミナー, 山口大学（山口）, Nov 28, 2013.
• Takayuki Uchihashi
  "High-speed AFM for observing cell dynamics"
  4th Asia-Pacific Symposium on Nanobionics, Melbourne, Australia, Nov, 14-15, 2013
• 今田勝巳
  "細菌べん毛構築の分子機構"
  法政大学工学研究科セミナー, 法政大学（小金井）, Sep. 26, 2013
• 内橋貴之
  "高速AFMによる生体分子のダイナミクス撮影"
  新学術領域「植物環境感覚・少数性生物学」ジョイントシンポジウム, Osaka, Japan, Dec. 17, 2013
• 内橋貴之
  "高速原子間力顕微鏡　～分子の動きを直視して理解する～”"
  第53回　生物物理学会若手の会　夏の学校, Izu-Nagaoka, Japan, Sep, 6-9, 2013
• Katsumi Imada
  "Common architecture of the soluble components of bacterial flagellar type III secretion system and F/V-type ATPases"
  International Conference of Structural Genomics 2013 Structural Life Science, Keio Plaza Hotel Sapporo, Sapporo, 41486
• Takayuki Uchihashi
  "Single-Molecule Imaging of Proteins at Work with High-Speed Atomic Force Microscopy"
  1. IMS Workshop on "Hierarchical Molecular Dynamics: From Ultrafast Spectroscopy to Single Molecule Measurements", Okazaki, Japan, May 25-26, 2013
• 内橋貴之
  "高速AFMによるタンパク質機能動態の直接観察"
  平成25年度　日本生化学会九州支部例会：シンポジウム「タンパク質構造の動きと機能発現」, Saga, Japan, May 18, 2013
• 内橋貴之、安藤敏夫
  "高速原子間力顕微鏡によるタンパク質の一分子ダイナミクス計測"
  第９０回日本生理学会大会, Tokyo, Japan, March 27-29, 2013
• 南野徹
  "べん毛特異的分子シャペロンと輸送ゲート構成蛋白質FlhAとの相互作用"
  第86回日本細菌学会総会, 幕張, Mar. 18-20, 2013
• 今田勝巳
  "細菌べん毛構築のしくみ"
  バイオAFM先端研究センターセミナー, 金沢, Jan. 24, 2013
• Katsumi Imada
  "Molecular Mechanism of the bacteral flagellar type III secretion"
  4th France-Japan joint seminar, Harima, Japan, Jan. 6-10, 2013
• 内橋貴之
  "高速AFMによる生体分子のダイナミクス解析"
  KEK PF 第1回先進的観測技術研究会, Tsukuba, Japan, 2012年12月26日
• 内橋貴之, 安藤敏夫
  "高速原子間力顕微鏡でイメージ ングするタンパク質の一分子ダイナミ クス"
  第１２回名古屋大学遺伝子実験施設公開セミナー, Nagoya, Japan, 2012年11月29日
• Takayuki Uchihashi and Toshio Ando
  "Image analysis of HS-AFM movies for dynamic events on biological molecules: F1-ATPase and cellulase"
  3rd Kanazawa Bio-AFM Workshop, Kanazawa, Japan, Nov. 5-8, 2012
• 内橋貴之
  "高速AFMによるバイオ分子の液中動的観察"
  生体分子機能解析のための走査型プローブ顕微鏡手法研究部会, Yuzawa, Japan, 2012年10月14-15日
• Takayuki Uchihashi and Toshio Ando
  "High-speed atomic force microscopy: A tool for nanobionnics"
  3rd Asia-Pacific Symposium on Nanobionics, Wollongong, Australia, Sep. 19-21, 2012
• 今田勝巳
  "結晶構造で解き明かす細菌べん毛構築のしくみ"
  平成23年度X線の会, 大阪, Sep. 8, 2012
• 内橋貴之
  "高速原子間力顕微鏡で可視化するタンパク質の機能動態"
  第52回生命科学夏の学校, Kamagori, Japan, 2012年8月24-26日
• Takayuki Uchihashi
  "HIGH-SPEED ATOMIC FORCE MICROSCOPY FOR OBSERVING DYNAMIC BIOMOLECULAR PROCESSES"
  XXI International Materials Research Congress,, Cancun, Mexico, Aug. 11-16, 2012
• 内橋貴之
  "高速AFMの研究動向と将来展望"
  ATI バイオSPM研究会, 新世代研究所、東京,
• 内橋貴之, 安藤敏夫
  "高速原子間力顕微鏡で探るタンパク質のダイナミクス"
  表面科学会　平成23年度関西支部セミナー, 京都大学宇治キャンパス 宇治おうばくプラザ きはだホールきはだホール, 2012年3月7日
• Takayuki Uchihashi, Noriyuki Kodera and Toshio Ando
  "Direct Visualization of Proteins in Action by High-Speed Atomic Force Microscopy"
  The 10th Asia-Pacific Microscopy Conference (APMC 10), Perth, Australia, Feb. 5-9, 12012
• Katsumi Imada
  "Assembly mechanism of the stator unit of the sodium driven motor"
  GRC on Sensory Transduction in Microorganisms, Ventura, USA, Jan. 16-20, 2012
• Katsumi Imada
  "Structural insight into the molecular mechanism of the bacterial flagellar type III secretion system and its evolutionary relation to F1-ATPase."
  XIII International congress of bacteriology and applied microbiology, Sapporo, Japan, Sep. 6-10, 2011
• 今田勝巳, 南野徹
  "べん毛III型輸送装置とF/V-ATPaseに共通する構造と機能"
  第11回日本蛋白質科学会年会, 大阪, Jun. 7-9, 2011
• 今田勝巳
  "生体超分子機械「べん毛」の形成と作動機構"
  （財）高分子研究所講演会, 大阪, 2011年3月24日
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A03公募班　柴田 達夫

• Tatsuo Shibata
  "Bifurcation analysis of spontaneous cell asymmetry formation for eukaryotic chemotaxis."
  International Conference on Mathematical Modeling and Applications 2015, Tokyo,Japan, Oct.26-29,2016
• Tatsuo Shibata
  "Spatiotemporal dynamics of intratumoral signaling process for eukaryotic chemotaxis"
  The Joint Annual Meeting of the Japanese Society for Mathematical Biology, Osaka,Japan, Jur.28-Aug.01 ,2014
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A03公募班　濱田 勉

• 濱田勉
  "細胞モデル膜小胞の時空間ダイナミクスと機能制御"
  日本物理学会第69回年次大会, 東海大, 2014/3/27-30
• 濱田勉
  "人工細胞膜の操作技術とナノ医療応用"
  バイオ・医療・医薬分野へのナノテク応用研究会, 富山県ものづくり研究開発センター, 2014/2/4
• Tsutomu Hamada
  "Organization and manipulation of a biomimetic soft interface"
  International Symposium on Advanced Materials Science 2013, JAIST, 2013/10/17-18
• Tsutomu Hamada
  "Membrane lateral heterogeneity mediates the partitioning of nanocolloids in a size-dependent manner"
  International Workshop "From Soft Matter to Protocell", 東北大, 2013/09/18-20
• 濱田勉
  "人工細胞の創出に向けた脂質膜インターフェース設計"
  第64回コロイドおよび界面化学討論会, 名古屋工業大学, 2013/09/18-20
• 濱田勉
  "人工細胞の設計 -細胞の動的機能を人工的に創り出す-"
  バイオ・高分子研究会, 山中温泉, 2013/09/13-14
• 濱田勉
  "膜機能システムの人工構築"
  第86回日本生化学会大会, パシフィコ横浜, 2013/09/11ー13
• 濱田勉
  "膜の動態システムを設計する"
  サントリー生命科学財団・生物有機科学研究所　シンポジウム「生体膜における生命現象解明の新展開」, サントリー生物有機科学研究所, 2013/7/17
• 濱田勉
  "人工脂質膜を用いたナノ粒子－生体膜相互作用の解析"
  メディショナルナノテク研究会, キャンパスプラザ京都, 2013/6/28
• 濱田勉
  "脂質膜へテロ界面はナノ物質をサイズ依存的に識別する"
  第50回日本生物物理学会年会, 名古屋大, 2012/9/22ー24
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